MI Muhammadiyah Kismoyoso memberikan peluang kepada seluruh siswa siswi yang ingin memperdalam hafalan Al-Quran dalam program Tahfidzul Qur’an. Program Tahfidzul Qur’an saat ini mempunyai target menghafal sampai dengan 3 Juz, yaitu Juz 28, 29 dan 30.
Pelaksanaan hafalan Al-qur’an Juz 30 setiap pagi dilaksanakan disetiap kelas yang dibimbing oleh walikelasnya masing-masing, sedangkan untuk kategori Juz 28 dan 29 dibimbing oleh Ustadz khusus lulusan dari Pondok Pesantren yang didatangkan oleh MI Muhammadiyah Kismoyoso.
Kegiatan Tahfidzul Qur’an di dalam ruang kelas setiap pagi sebelum proses pembelajaran dimulai, dengan dibimbing oleh guru walikelasnya masing-masing.
