MI Muhammadiyah Kismoyoso adalah lembaga pendidikan dasar formal di bawah persyarikatan Muhammadiyah yang didirikan pada 1 Juni 1946 sebagai perubahan bentuk dari Madrasah Rakyat. Madrasah ini menginduk pada Yayasan Pendidikan Umat Islam Surakarta sebagai induk pengakuan berdirinya madrasah yang sah sesuai undang undang pendidikan yang berlaku.
Pada mulanya, MI Muhammadiyah Kismoyoso merupakan sebuah sekolah rakyat yang didirikan oleh tokoh umat Islam desa Kismoyoso, yaitu bapak Kusnan dan bapak Thoyyibin (almarhum) dengan tujuan mencegah pengaruh ajaran ajaran/pemahaman yang banyak melenceng dari nilai nilai keislaman dan terutama untuk membentengi diri dari pengaruh ajaran ajaran komunis yang saat itu sangat kuat pengaruhnya di Boyolali.
Pada awalnya gedung sekolah saat itu hanya menggunakan rumah rumah warga sebagai kelas selama kurang lebih 2 tahun, baru kemudian ada beberapa warga yang mewakafkan sebagian tanahnya untuk dibangun sekolah, dengan tujuan agar proses pembelajaran bisa berjalan dengan baik.
Seiring berjalannya waktu, setelah kurang lebih 4 tahun beroperasi madrasah mengalami peningkatan jumlah siswa, sehingga di tahun 1950 madrasah secara resmi mendapatkan ijin operasional dari Kementerian Agama yang secara formal menjadi lembaga pendidikan dasar dan diberi nama MI Muhammadiyah Kismoyoso yang dikelola secara sah oleh persyarikatan Muhammadiyah hingga sekarang.
